Debido a las demandas de los visitantes y habitantes de cada aldea, se realizan misiones ya sean de protección, de mantenimiento de la aldea, para capturar a otros ninjas o de otros tipos. También sirven para ascender de rango. Para que un ninja vaya consiguiendo el rango de Chuunin, Jounin, o Kage deberá de superar exámenes y realizar misiones. Según que rango tenga el ninja - Gennin, Chuunin, Jounin o Kage -, este hará una misiones de un rango u otro.